2012 yılından beri devam eden İznik Nilüfer Hatun İmarethanesi ve Müştemilatı Yapımı Teşhir Tanzimi ve Çevre Düzenlemesi Projesi kapsamında, 2015 yılında İznik Müzesi için yapılacak yeni binanın temel kazısı sırasında ortaya çıkan yapı kalıntıları, üstü kapatılarak korunma altına alındı. Alan, peyzaj çalışması yapılıp, sergi alanı olarak kullanılacak.
19 Haziran 2012’de Kültür ve Turizm Bakanlığı Müzeler Genel Müdürlüğü Bursa Rölöve ve Anıtlar Müdürlüğü tarafından yapılan ihalenin ardından restorasyon çalışması başlatılan İznik Nilüfer Hatun İmarethanesi ve Müştemilatı Yapımı Teşhir Tanzimi ve Çevre Düzenlemesi Projesi kapsamında, İznik Müzesi için yeni müze bina yapılması planlandı.
Ancak yeni müze binası için başlatılan temel kazısı sırasında, 2015 yılında Bizans dönemine ait olduğu belirtilen yapı kalıntısı ortaya çıktı. Genişletilen kazı ile tamamı ortaya çıkartılan kalıntı, Kültür ve Turizm Bakanlığı Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü tarafından teşhir edilmeye yeterli bulunmaması ve deforme olmasının önüne geçilmesi düşüncesiyle üstü kapatılarak, koruma altına alındı.
Yaklaşık 2 dönüm alanda, sürdürülen dolgu çalışmalarının ardından peyzaj çalışması yapılacak. Bölge sergi alanı olarak kullanılacak.
Yeni bina inşaatı 2019 yılında iptal edilen, yaklaşık 16 bin eserin bulunduğu İznik Müzesi’nin yeni binası ise Yenişehir Kapı bölgesindeki inşa edilecek. Bölgede yer tahsis çalışmaları devam ederken, İznik Nilüfer Hatun İmareti içerisinde ve bahçesinde de Türk İslam Eserleri Müzesi çalışmaları devam ediyor.